Die Säuberung der entzündeten Stelle erfolgt dann mit sehr feinen und flexiblen Instrumenten. Währenddessen werden die Wurzelkanäle mehrmals mit antibakteriellen Flüssigkeiten durchgespült, um alle Bakterien zu entfernen. Nach der Säuberung werden die Wurzelkanalholräume mit einem biologisch verträglichen Füllmaterial aufgefüllt. Um die Stabilität zu erhalten und eine erneute Bakterienansammlung zu vermeiden wird der Zahn meistes noch überkront.